本教区は、１９１２年８月１３日、当時函館教区の一部であった秋田、山形、新潟の３県と、東京教区の一部であった富山、石川、福井の３県とを合わせ、知牧区として新設され、ドイツの神言会に委託された。

１９２２年２月１８日、名古屋知牧区が新設され、富山、石川、福井、３県を同教区に委譲した。初代教区長は神言会のＪ・ライネルス師、１９２６年よりＡ・ チェスカ師がこれを継いだ。１９４１年、同師の教区長辞任により、名古屋教区松岡孫四郎師が教区長代理となり、１９４５年から兼任の教区長となった。

１９５３年、野田時助師が教区長に就任した。野田教区長は１９５９年に初代の広島司教に任命されたが、病気のため辞退。１９６１年１０月１１日、現職のまま逝去した。

その後教区長は空位であったが、１９６２年４月１６日、新潟知牧区は司教区に昇格し、同年伊藤庄治郎師が初代司教として叙階され、教区長に就任した。

1985年3月9日、伊藤司教の辞任に伴い、フランシスコ会の佐藤敬一師が後任に任命され、同年6月9日、司教に叙階されて教区長に就任。19年間にわたって教区を導いた。佐藤司教が定年のための辞任に伴い、2004年5月14日、神言修道会の菊地功師が新潟司教に任命された。菊地師は、同年9月20日に司教に叙階され、新潟教区の13年の任務を終えて、2017年12月16日 にて東京大教区に着座、今日に至っている。

現時点で新潟教区は空位になり、菊地大司教は新潟教区管理者となった。

（カトリック中央協議会のHP、参照）